L'église restait dans cet état jusqu'à l'introduction de la Réforme à Plobsheim. Les Zorn, qui avaient adopté la nouvelle doctrine de LUTHER, installèrent le premier Curé Luthérien à Plobsheim, un nommé Hyronimus DÜPPEL, venu d'Allemagne, en 1562. Durant 126 ans, de 1562 à 1688, l'église était exclusivement réservée au culte protestant.
En 1648, Louis XIV obtint l'Alsace après la signature du Traité de Westphalie, sauf la ville de Strasbourg et les 10 villes de la Décapole. En 1679, les villes de la Décapole jurèrent fidélité au roi (Colmar, Hagnenau, Kaysersberg, Mulhouse, Munster, Obernai, Rosheim, Sélestat, Turckheim et Wissembourg) et Strasbourg céda en 1681.
A partir de cette date, l'Alsace entière était française et la religion catholique fut réintroduite.
L'église de Plobsheim passa sous le régime du simultanéum : les offices religieux avaient lieu alternativement entre catholiques et protestants selon un ordre précis et rigoureux.